mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT GGAGCTTTCTTCGGTCCACTC ATGCTGGGTTGGTGGGGGAAGGGAGCTTTCTTCGGTCCACTCATAGAATAATATGTGAGATTTAATTGACTCTCGACTCATTCATCCAAATACCAAATGAAAGAATATGTAGACATATGGTAAATGAATGAATGATGCTAGAGACAAATTGAATCTTCACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTTTTATTTTCCTGTAT TTTCTTCTCTCTTTTCCTCCTTTTTATCTCACATAAGCTCTTTTTTACATAAATCCATATGGTGCCTCAAAGCAATCCATGGTCTAGGGTTTGTTTTGAAGATTGATTCTAGCACACACAGAAAAAGATCTGTGCATCAAGAATGAAAAACATGGGGCATATATATACGTTTTACTGTTTTATGCTCTATACAATATACTCAGATTATTCATATACTAACTGTATATGTCCATATGCTTATATATATACATATATAGCTGTAGAAATTTTAATATGGTCAGGGATGCTGGGTTGGTGGGGGAAGGGAGCTTTCTTCGGTCCACTCATAGAATAATATGTGAGATTTAATTGACTCTCGACTCATTCATCCAAATACCAAATGAAAGAATATGTAGACATATGGTAAATGAATGAATGATGCTAGAGACAAATTGAATCTTCACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTTTTATTTTCCTGTATTTCAACACTTCATCATATACAATCATTCTTTGTAAAGATCAACTTCAACATTGATATTATATTAATAAGTCTGACACTCAACTGATATGAGTGTTTATGGTGTTGTTTTGCAGGATTCAGTCGTGGACCTCCCTGAACATCTTCGAGACTAATCTATGAAGGCTTATGTTTTTCTTTGTAATGAAAGTTTCACTACTAGAAGCAATAACAATATACAAGATAAGGTTTCTACTAGCTCATCTACCCAAATAACTTCGCTTCTTTCTTTTTGTGGGGGTCAAAACTTCGTTTCTTTCTATTCCATGTAAACTATCAT 1 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR159 3e-74 aly-MIR319b 6e-75 -78.1 ((((.(((..(((((((((((((((((((((((((((((..((((((.......(((((((((((((...((((...((((((((.((..(((((.(((..............))).)))))..)).)))))))).....))))..))))))))).))))...))))))..))))))))))))))))))))))))))))).))).)))) (-78.1)