mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCATCATCATCATCTTCA ATTATGATGATTTGAAATCG TATGATTGTTGTTATGGTGATGATTATGATGATTTGAAATCGACGACCCTCCCATCGTTGCCGGCGCCGGATTTGGCGGCGGCAACAACCTTGTACTAGCTGAAACAACAACGTTTGTTGTTGTGGTGGTTGTCGTCGTTGTCTCTTCATCATCATCATCTTCATCATCGTTTACACTTTCTT AAGATGGAGATAAAGGAGCTGCCGGCGATGGTGAAGTAGCCGGAATGTTCTGTCCCGCCGGTGAAGCTGATGACACTTGCTGATGAATTTGGTCACCGGTAACAACACCACTGTTACCCCCACCACCACTACTCCCAGAAATCCAATCATGCGACCTCTTTGTAGATGCAGAACGAGCTTTTCTTGGAACCGGAACACCAATCATTTCATCACCAGTTTTCCACACAGGCGGTGCTGCTCTATAAACCTTTCCACCAACATTTGGTGGAAAATTTTTCCGAGGCTGTATATGATGATGGTTATGATTGTTGTTATGGTGATGATTATGATGATTTGAAATCGACGACCCTCCCATCGTTGCCGGCGCCGGATTTGGCGGCGGCAACAACCTTGTACTAGCTGAAACAACAACGTTTGTTGTTGTGGTGGTTGTCGTCGTTGTCTCTTCATCATCATCATCTTCATCATCGTTTACACTTTCTTCTGAACTATCATCTCCGCCATCTTCCCCACCTCTGTGCATCATCAATCTATCACCTCTTCTTCTTTTACTCCGACTTGACCTATCTCTATCTCTATCTCTAATATCCCTTTCT 5 1 3' arm Solanum_torvum mirnest 100 100 -61.6 ...((..((.((.((((((((((..((((((((.((((..(((((((.....((..(((((((.(((((....))))).))))))).....))...((((((..((((((((....))))))))..))))))..)))))))....))))..))))))))..))))))))))..))))..)).. (-61.6)