mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCAGTTTGTCAAATACCCC TGTATTTGACAAGCTGAGTTAGACACT CCTGGCCTCCTGCAGTGCCACACTCCGTGTATTTGACAAGCTGAGTTAGACACTCCATGTGGAAGAGTGTCAGTTTGTCAAATACCCCAAGTGCGGCACATGC 2 6 3' arm Canis_familiaris mirbase mir-223 2e-39 ggo-mir-223 1e-46 -43.7 ...........((((((((.((((..(.((((((((((((((......(((((((.........))))))))))))))))))))).)..)))).))))).))) (-43.70)