mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGCTTTCTTTGGTCCACTC TTGGACTGAAGGGAGCTCCTT GAAAAATTAATGGGCTTAGGGATGATGGGTTGGTGGAGGAAGAGAGCTTTCTTTGGTCCACTCATGGAGTAATATGTGAGATTTAATTGACTCTCGACTCATCCATCCACATACCAAATGAAAGAATATGTTCCCATATGGTAAATGAATGAATGATTCTAGAGACAAATTGAATCTTTACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTTCCTTTGTTTTCCAATATTTCTACATCTCATTATATTTA GGTATGAGCGCAGCGCTCTATCGACTAGCTATGAGGAAAGCTGCACCCCTGCAGGTACCGGACCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGCTCTCTTCTATTGTTTCTTTTGTCACATAAACGAGTTTCTTATATATGGTGCCTCAAAGCAATCTAATAGTCATCTAGGGTTTAGTTTGAAGATTTAAGTTGGCTCTAGCCTACATAGAGGAAGATCCTTGCATCAAGAATGAAAACATGGGCTATCGAAATATATATTTTGGTTTTATGCTATATAGTATTCAAATTCTTTACATATGCTTAATTAGATATTTCCATATGCTTATATATACGTATATAGTTATAGAAAAATTAATGGGCTTAGGGATGATGGGTTGGTGGAGGAAGAGAGCTTTCTTTGGTCCACTCATGGAGTAATATGTGAGATTTAATTGACTCTCGACTCATCCATCCACATACCAAATGAAAGAATATGTTCCCATATGGTAAATGAATGAATGATTCTAGAGACAAATTGAATCTTTACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTTCCTTTGTTTTCCAATATTTCTACATCTCATTATATTTACAAGCACTGAATTTATGTGTGCGAGTCAAGATCAAGTTCAACATTGATATGAGTTTTATGGGGTTGGTTTGCAGAATCAGTCGTGACCTCCCTGAACATCTTTGAGCCAAATCTATGAAGATTTAATCCCTTTTTGGTGGAATGAGGTGGGTATCTACTTGGAAGAAGTTTCCCTTCTTAGAAGCAATAACCCGTTTTTCAAGAATAAGGGGTTTAACTTGGTTCATTTCCTTAAAAAATAATTGGGGGTTCTTTTTTTTATTTTCGGGGGAAAATAATTTTATTCTATTGGGGGCCTTCAAAAAANNAAGAAAAAAAACCCTCGNCAAATTAGACTACACGTTTAGTCCGCTTAAATTCAATACCAAAATTTGCCCATGATTATACACCTCATACTTTATCCCTCTNCTTTGTGGAGAGGGAACCCCGCCGCTGTACAAAACTACCCCTCCCTTTCTTCCCCGCTCCACATCTCCG 3 0 5' arm Brassica_napus mirnest MIR159 6e-76 aly-MIR319b 1e-76 -84.1 ..(((..(((((((..((((((((.((((..(((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((........(((((((((((..((((.((.((((.(((.((..(((((.(((...(((....))).))).)))))..)).))).)))).)).))))...))))))))))).....)))))))..))))))))))))))))).))))))))))).)))).))))))))...)))))))..))). (-84.1)