mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAATACTCCCTCCGTCCCCGA GGGGACGGAGGGAGTAGGGTT CTGGACTTCAGCAATACTCCCTCCGTCCCCGAAAAAATCAATTCCTAGAATCCGTGCCAGTCAAACTTTTTAAAGTTTGACTAACTTTATAGAAAAGAGTAACAACATCTATAATATAAAATGCACATTATATGAAAATATATTCTATGATGAATCTAATAATACTAATTTGATACTATAAATTTTAGCATTTTTTCTAGAAATTTGGTCAAAGTTTAAAAAGTTTGACTTAGGACAACTCTAGAAATTGACTCTTTCGGGGACGGAGGGAGTAGGGTTGAAAGCAG CAGATGCGGCATGCCCGGCGCAACAACACCTGCCCGCGACCCGTCGGCTCGCCTGAGCTGGGACGGCGTCCACCCGACGGAGGCGGCCAACAAGATGATCGCCGACGCCTGGCTCCACGGCCCCTACTGCAACCCACCTATTTTAAGTTGAACAAATCATATCATAAATATGCATGCAGACTCTCGACCGTATGTCGTCTTATCTTAATAAGAACACGGTGACCTGTTGGCATGTAGCAGTAGCATCGTCTGTTTATCAAGCTGGTCAAACCCCTGGACTTCAGCAATACTCCCTCCGTCCCCGAAAAAATCAATTCCTAGAATCCGTGCCAGTCAAACTTTTTAAAGTTTGACTAACTTTATAGAAAAGAGTAACAACATCTATAATATAAAATGCACATTATATGAAAATATATTCTATGATGAATCTAATAATACTAATTTGATACTATAAATTTTAGCATTTTTTCTAGAAATTTGGTCAAAGTTTAAAAAGTTTGACTTAGGACAACTCTAGAAATTGACTCTTTCGGGGACGGAGGGAGTAGGGTTGAAAGCAGTGAAGCTTTAAAAGGGGGTCCAAGTACAGTAGTGTCAGTCGTCCTTCAATGTTTTAGGTGCGCGCTATTTATATGTAATGGTGCAATTTATAGTAATC 2 0 5' arm Sorghum_propinquum mirnest MIR1122 0.0003 osa-MIR437 0.00000006 -97.7 ......((((((..((((((((((((((((((((...((((((.(((((.(((.....((((((((((((((((.(((((((((.(((.(((((((((.....((.((.((((.(((.((((...(((((((.(((......))))))))))...............)))).))).)))).)).))....))))))))).))).))))))))).))))))))))))))))..)))....))))).))))))...))))))))))))))))))))..))))))..... (-97.7)