mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCTTCATCTTCATCGTGG ACATGGTATGAAGCTGAGC GATCTTCATCTTCATCTTCATCGTGGCCTAAACCTAGGGTTTGCTCCAATTCCTTCCTATCTTTAATCCCAATTCCTAAACGTATCTATAATCCGGAGTGAACATATATGCAGCCGCCGAACGTAATCCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGTTTGCTATATAATATCGTTTCTTTCGCGAATCGATTCATGATTTGGGAATTATCAGTTATGATTATCCCCGTCGAATTTCAATTCTCATCGTCACATGGTATGAAGCTGAGCTA GATCTTCATCTTCATCTTCATCGTGGCCTAAACCTAGGGTTTGCTCCAATTCCTTCCTATCTTTAATCCCAATTCCTAAACGTATCTATAATCCGGAGTGAACATATATGCAGCCGCCGAACGTAATCCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGTTTGCTATATAATATCGTTTCTTTCGCGAATCGATTCATGATTTGGGAATTATCAGTTATGATTATCCCCGTCGAATTTCAATTCTCATCGTCACATGGTATGAAGCTGAGCTATAATCTCCGAGTTTTTGGACCTGGTTTGAATCCTTTTCCCCCCTACAACATGGCCAATCATTCCTCTCGCTAAATTTTACGCTCTTTTCTTTTCGTTTTTTTCGAGCTTTTATATTGAGATAATGTAAAAGGATTTCACGTTAGCGAATCGATTGTCAATTGGTTTTTGTGTCAAGTTTTCTGTCCTGAATTCAGAGGCTATCGTTACAGAAAAATATTGAAGGTTTTTTGTTTTGATTCGAAGGCCCTCGTTTGTTTTTCGTTGTAATCGTAGTGTTCTTCCTTTTGCAAAAAAGAAAGGATCTTCAAGAATTGGGACCTTACCTGTGAAACTGCTAAGTATGTGAGACGGTCTTTAGTCTTGGACTTTGGCCTCTTTTTAGAATCAAAGGGTTGGGATTTGAAGTCTCTAGGTTTGTTACGCATAGCAAAGTATTTGTCTTTGTATATCAAAAGACAATACATTTATACATATATCTACGCATATATTATCCTTCAATGCC 3 2 5' arm Striga_hermonthica mirnest 100 100 -42.7 ....((((.((((((..((((.(((.((((....))))(((((((((..........(((.((((...........)))).)))..........))))))))).(((((((((.((.((...........((.((....)).)))).)).)))).)))))..((((.(((......))).))))..(((((.((((.((.((((....)))).)).))))..((((....))))..)))))))))))).)))))).))))... (-42.7)