mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCTCGGGCTCGGCTCGTTT ACGAATCGATCCCGAGTAGCT CTCACCAACATAGGCTCGGGCTCGGCTCGTTTAATAAACGAGCTTTTAAATGGTACTCGGGCTCGGCTCGGGCTCGTTTAACTCGAACTCGAATCGAGCGTTTAACGAATCGATCCCGAGTAGCTCACGAGTA GGGGAAATCCGTGATTATAATATATACAGGCTCGATTAGGCTCGATTAGGCTCGCGAGCCTTATCGAGCTCACCAACATAGGCTCGGGCTCGGCTCGTTTAATAAACGAGCTTTTAAATGGTACTCGGGCTCGGCTCGGGCTCGTTTAACTCGAACTCGAATCGAGCGTTTAACGAATCGATCCCGAGTAGCTCACGAGTAGCTCGGCTCGTTTACACCCCTAGTTACTTGGACTGATTTGCTGTTAGACCTATAACCCATTAGGCTACGCCATGGATGGAAGTACGGAGAAATTACATAGAGTGTTTTTATTTGTATGGGTGTCGAATGTCGATAATGTTGTTCAATGAATTGTCTTTGTAAGAGTATTTGTAGCATTCGTTCATTTAAAAAACATGGTTGTGTGAAGTCACTTTGTTACGACATGGATGGAAGTAGGGAGAAACTACATGAGTTTTTTTATTTGTTTGAGTGCCAACAATGTTGTTCAATGAATTGCATTTGTAAGAATATTTGTACCAAAAAAAAAAAAAAA 5 0 5' arm Taraxacum_kok-saghyz mirnest 100 100 -43.5 .............(((((((.((((.(((((.(((...((((..((.....))..)))).((((((.(((((.(((.......))).))))).))))))))).))))).)))).))))))).(((....))). (-43.5)