mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCTT AGAGCTTTCTTTGGTCCACTC AAAAATTAATGGGCTTAGGGATGATGGGTTGGTGGAGGAAGAGAGCTTTCTTTGGTCCACTCATGGAGTAATATGTGAGATTTAATTGACTCTCGACTCATCCATCCACATACCAAATGAAAGAATATGTTCCCATATGGTAAATGAATGAATGATTCTAGAGACAAATTGAATCTTTACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTTCCTTTGTTTTCCAATATTTCTACATCTCATTATATTT GGTATGAGCGCAGCGCTCTATCGACTAGCTATGAGGAAAGCTGCACCCCTGCAGGTACCGGACCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGCTCTCTTCTATTGTTTCTTTTGTCACATAAACGAGTTTCTTATATATGGTGCCTCAAAGCAATCTAATAGTCATCTAGGGTTTAGTTTGAAGATTTAAGTTGGCTCTAGCCTACATAGAGGAAGATCCTTGCATCAAGAATGAAAACATGGGCTATCGAAATATATATTTTGGTTTTATGCTATATAGTATTCAAATTCTTTACATATGCTTAATTAGATATTTCCATATGCTTATATATACGTATATAGTTATAGAAAAATTAATGGGCTTAGGGATGATGGGTTGGTGGAGGAAGAGAGCTTTCTTTGGTCCACTCATGGAGTAATATGTGAGATTTAATTGACTCTCGACTCATCCATCCACATACCAAATGAAAGAATATGTTCCCATATGGTAAATGAATGAATGATTCTAGAGACAAATTGAATCTTTACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTTCCTTTGTTTTCCAATATTTCTACATCTCATTATATTTACAAGCACTGAATTTATGTGTGCGAGTCAAGATCAAGTTCAACATTGATATGAGTTTTATGGGGTTGGTTTGCAGAATCAGTCGTGACCTCCCTGAACATCTTTGAGCCAAATCTATGAAGATTTAATCCCTTTTTGGTGGAATGAGGTGGGTATCTACTTGGAAGAAGTTTCCCTTCTTAGAAGCAATAACCCGTTTTTCAAGAATAAGGGGTTTAACTTGGTTCATTTCCTTAAAAAATAATTGGGGGTTCTTTTTTTTATTTTCGGGGGAAAATAATTTTATTCTATTGGGGGCCTTCAAAAAANNAAGAAAAAAAACCCTCGNCAAATTAGACTACACGTTTAGTCCGCTTAAATTCAATACCAAAATTTGCCCATGATTATACACCTCATACTTTATCCCTCTNCTTTGTGGAGAGGGAACCCCGCCGCTGTACAAAACTACCCCTCCCTTTCTTCCCCGCTCCACATCTCCG 2 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR159 6e-76 aly-MIR319b 1e-76 -84 ......(((((((..((((((((.((((..(((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((........(((((((((((..((((.((.((((.(((.((..(((((.(((...(((....))).))).)))))..)).))).)))).)).))))...))))))))))).....)))))))..))))))))))))))))).))))))))))).)))).))))))))...)))))))..... (-84)