mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC ATTGTTGTCTGGCTCGAGG CTCTTTTGAGGGGATTGTTGTCTGGCTCGAGGTCACAAGAAAGCTCCAATCTTTCACTCTCTTTATACTTATGCATGATAAGATCATGGGTTTTCTGGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAATTGT AGCTCGCTCTTTTGAGGGGATTGTTGTCTGGCTCGAGGTCACAAGAAAGCTCCAATCTTTCACTCTCTTTATACTTATGCATGATAAGATCATGGGTTTTCTGGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAATTGTCCTTCCTTTAATATTCATAAAGTTTGGATCTTTTTGATGGGTTTAATTAGCTTTCTTACTAATGTTTAAGCTATAATATTTGATTTTGGTTTGTAGAGTGATGAATTGATGATAGATGAAGGAGCCGATTGGTGTAATGATGACGAATTATGTTTGAATTTTCCGTTAATCAGTCAAAGATCCATAAAACACGATCTGACTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 0 3' arm Taraxacum_kok-saghyz mirnest mir-166 8.0E-9 aqc-MIR166e 7.0E-12 -45.9 .....(((((((((.((..((((((.((((...(((.(((((((.(((((((((((...................))).)))))..)))))))))).)))...)))).))))))..)).))))))))).... (-45.9)