mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGTTGTCCGGCTCGATG CTGGGAAAGCTTTGTTTGTGGGGAATGTTGTCCGGCTCGATGCCTACAAACCTTCATCATAGATACAATCATTCGTGGTATCTATATATACAATAGGTATGATGATGCTCTAATGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAATTTCGCTTCCATT TAATTCTCTTCTCTCTTTCAAATCGCACAACCGCACCGCCATGAATTCTGGGAAAGCTTTGTTTGTGGGGAATGTTGTCCGGCTCGATGCCTACAAACCTTCATCATAGATACAATCATTCGTGGTATCTATATATACAATAGGTATGATGATGCTCTAATGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAATTTCGCTTCCATTTGCTGTATACATCAGAATCGGATGAGTTATCTGCAGGTCAAAGTTTTGTTAAATGTTTAATTAGAAAGGGAGTATGGGATATTGTGGGATAATATGGAGGGAGAAAGAGTATGGAAGTAGAGGTCGCTCTAAAATGGTTATGACTTTATGTTGGTGATGAGGAGGATACATAAGAAGGGTATCGGATTAATTAATGATGTAAGTGTATAAGATAAGTGGTTATGAGTTTGAAATAGAGAAAACTGGTCATGAGAGATTGAGAAGATGAAGAAGGGATAGAAAAAAGTGGTATATTTCTGTAACAATCTTTTAGGCATCTTTCTTGAATTTCTTTTTTCATGTTAACGCAATCTACCCTTTTAGATTTTTGTCATCACATATCCCCCTCCTTTTCCTACACCTACACGTACTCCATGTATATTAATTAAAACATTTTTTTACAGCT 4 0 3' arm Taraxacum_kok-saghyz mirnest mir-166 4.0E-8 aqc-MIR166e 5.0E-10 -45.5 ...((((.((...(((((.((((((((..(((.((.((((((...........(((((((((((((...........))))))))..((((.....)))))))))...........)))))).)).)))..)))))))).)))))...))))))... (-45.5)