mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACGGCGTGGTATTGGTACGGT CGAACCAATATCACTCTTGT AGAAGCTCCACAACGAAGTCCTGTGACAGAGAAATAGACACGGCGTGGTATTGGTACGGTTCATCAACTTTACTTCTTTGTATGTTTTGGAGTAGCCTTGACATGAGCCGAACCAATATCACTCTTGTATGTTTCTTTGAAGAAAACATGGCTTTCTTTACCGA AACACTTATTAGTTGGATGTTAGAGGAGAAGCTCCACAACGAAGTCCTGTGACAGAGAAATAGACACGGCGTGGTATTGGTACGGTTCATCAACTTTACTTCTTTGTATGTTTTGGAGTAGCCTTGACATGAGCCGAACCAATATCACTCTTGTATGTTTCTTTGAAGAAAACATGGCTTTCTTTACCGACTACCATATAGAAGTGAGACGTGTTTTTACAAATAATATTTATGTTTTCAAATCTAGAACATGAAGTTCTTTATGTAATCGTTTAACATGTTTTCATTAATAATTGATTGAAATCAACTCCATTTTGGTGTAATTCATACGCATGGTCATTGGTCACTATTAGGTGATCACTTTAATGGTACTCAAGTGATCACGCGTGTTGACATGAATACATTCTTGTTTTTTAGTTGTACCTCTCGACTCATATGAAGTTTGCTTTGCATGATACCTTGCAAGATTTCACAACTAAATTTGGGGAAATATGCATAAGAGTCAAAACTCAAAAGTGTCTCCCAGTGCTGCCAAACTTAGTCCTAATAAAGGGATTTGTAATCCATTTTCAAACATCTTGCACTCGATGATATATTTAGCCTTTGGGTTTGTTGAACAAAAAAAAAAAAAAAA 2 1 5' arm Taraxacum_kok-saghyz mirnest MIR171_2 0.00000001 vvi-MIR479 0.00000003 -50.1 ..............((((((.(((..((((((((((.(((.((.(((((((((((.(((((((((((..(((((((............)))))))..))))..))))))).))))))))))))).))).))))))))))......))).))))))......... (-50.1)