mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACGGCGTGGTATTGGTACGGT CGAACCAATATCACTCTTGT AGAAGCTCCACAACGAAGTCCTGTGACAGAGAAATAGACACGGCGTGGTATTGGTACGGTTCATCAACTTTACTTCTTTGTATGTTTTGGAGTAGCCTTGACATGAGCCGAACCAATATCACTCTTGTATGTTTCTTTGAAGAAAACATGGCTTTCTTTACCGA AACACTTATTAGTTGGATGTTAGAGGAGAAGCTCCACAACGAAGTCCTGTGACAGAGAAATAGACACGGCGTGGTATTGGTACGGTTCATCAACTTTACTTCTTTGTATGTTTTGGAGTAGCCTTGACATGAGCCGAACCAATATCACTCTTGTATGTTTCTTTGAAGAAAACATGGCTTTCTTTACCGACTACCATATAGAAGTGAGACGTGTTTTTACAAATAATATTTATGTTTTCAAATCTAGAACATGAAGTTCTTTATGTAATCGTTTAACATGTTTTCATTAATAATTGATTGAAATCAACTCCATTTTGGTGTAATTCATACGCATGGTCATTGGTCACTATTAGGTGATCACTTTAATGGTACTCAAGTGATCACGCGTGTTGACATGAATACATTCTTGTTTTTTAGTTGTACCTCTCGACTCATATGAAGTTTGCTTTGCATGATACCTTGCAAGATTTCACAACTAAATTTGGGGAAATATGCATAAGAGTCAAAACTCAAAAGTGTCTCCCAGTGCTGCCAAACTTAGTCCTAATAAAGGGATTTGTAATCCATTTTCAAACATCTTGCACTCGATGATATATTTAGCCTTTGGGTTTGTTGAACAAAAAAAAAAAAAAAA 2 1 5' arm Taraxacum_kok-saghyz mirnest MIR171_2 1.0E-8 vvi-MIR479 3.0E-8 -50.1 ..............((((((.(((..((((((((((.(((.((.(((((((((((.(((((((((((..(((((((............)))))))..))))..))))))).))))))))))))).))).))))))))))......))).))))))......... (-50.1)