mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCGGAGGGATGCCTTCCTTG AGGGTAATTGTCTTTCCGGTGA GCGAAGATGAGACGCTGCTGGTCCGGAGGGATGCCTTCCTTGTCTTGGATCTTGGCCTTGACGTTGTCAATGGTGTCAGAGCTCTCCACCTCGAGGGTAATTGTCTTTCCGGTGAGTGTCTTCACAAAGATCT AGTTCATCAATTATTTAACTGGAGGCTTTAGAAGCCCCCAAAACACAAACAACGAGAAGTTTTAGAAACACGAAACGACTTTTGAAAACATGATAAAGTAACCAGGCGCAAGTTTTTAGAAACCACCACGAAGACGGAGAACCAAGTGAAGGGTCGACTCCTTCTGAATGTTGTAATCAGCAAGTGTGCGACCATCCTCAAGCTGCTTTCCAGCGAAGATGAGACGCTGCTGGTCCGGAGGGATGCCTTCCTTGTCTTGGATCTTGGCCTTGACGTTGTCAATGGTGTCAGAGCTCTCCACCTCGAGGGTAATTGTCTTTCCGGTGAGTGTCTTCACAAAGATCTGCATACCACCACGCAGACGCAGAACCAAGTGAAGGGTCGATTCCTTCTGAATGTTGTAATCCGCCAAGGTACGACCATCCTCGAGCTGCTTTCCAGCGAAGATGAGACGTTGCTGGTCCGGAGGGATGCCTTCTTTGTCCTGGATCTTAGCCTTGACATTGTCA 4 1 5' arm Thellungiella_halophila mirnest 100 100 -40.3 ........((((((((......(((((((((((...((((((...((((....(((.((((((((......)))))))).))).))))...))))))....)))))))))))..))))))))........... (-40.3)