mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTACATTGTCTGCTGGGTTTC ACCTGGCATACAATGTAGATTTCTGT CCAACATCCAGGTCTGGGGCATGAACCTGGCATACAATGTAGATTTCTGTGTTTCTTGGGCAACAGCTACATTGTCTGCTGGGTTTCAGGCTACCTGGAAACATGTTCTC 3 5 3' arm Equus_caballus mirbase mir-221 2e-24 mml-mir-221 1e-49 -44 ......(((((((....(((.((((((..(((.(((((((((....(((((((.....))).))))))))))))).)))..)).)))).))))))))))........... (-44.00)