mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCAGTTTGTCAAATACCCCA GTGTATTTGACAAGCTGAGTTGGACACT GCCCAGCCTCCTGCAGTGCCACGCTCCGTGTATTTGACAAGCTGAGTTGGACACTCCATGTGGTAGAGTGTCAGTTTGTCAAATACCCCAAGTGCGGCACATGC 3 6 3' arm Equus_caballus mirbase mir-223 2e-45 ggo-mir-223 2e-51 -43.3 ............((((((((.((((..(.((((((((((((((......(((((((.........))))))))))))))))))))).)..)))).))))).))) (-43.30)