mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATATTAT AATTAATGAGGATGATGATG ATCACCATCAACACCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATATTATATTCTTCCATTTGCCAGTTTAACAAAAAAAATGTTGACTCTTCCCAAAAATATGTTACAATTACAATCCTAATGATACAATACTAACCCATGAGAAACAAATTGGAGTACACAAAAGAAGGAAAAAAAGAGACAGATATAGAATTGATTGAAGAAAGAAGGAAAAAAAAAAAAAATCTTGTTTGAAGGGTAACAAGATACTCCACTAAATTTTTAAATGGCAATGCAACAAGATAACTAATTAATGAGGATGATGATGTTGCTGAGGATAGTAGGTAATGAAATTT ATTGAAAACAGGCACTTAGATCTTATCAGAGCAGTACAGCATAACAGAGCACTAAACTCGATCCATTTCTTAAAATTCTTGACATATCACTCATCACAAAGGCTTAACTTTAAACAGCTTCAACATCACTACCATCACCATCAACACCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATATTATATTCTTCCATTTGCCAGTTTAACAAAAAAAATGTTGACTCTTCCCAAAAATATGTTACAATTACAATCCTAATGATACAATACTAACCCATGAGAAACAAATTGGAGTACACAAAAGAAGGAAAAAAAGAGACAGATATAGAATTGATTGAAGAAAGAAGGAAAAAAAAAAAAAATCTTGTTTGAAGGGTAACAAGATACTCCACTAAATTTTTAAATGGCAATGCAACAAGATAACTAATTAATGAGGATGATGATGTTGCTGAGGATAGTAGGTAATGAAATTTA 4 1 5' arm Thellungiella_halophila mirnest 100 100 -50 .......(((..(((((.(((.(((.((.((((((((((.((((...((((...((((....((((((..((((((.......)))))).(((((.(((...((((((..........((((..........((((..((.((.........)).)))))).........))))............))))))...)))...))))).(((((..............((((((((........))))))))...........)))))...))))))......))))....))))..)))).)))))))))).)).))).))).)).)))..)))..... (-50)