mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCCCTGGGCCTATCCTAGAA CTAGGTATGGTCCCAGGGATCC GAATTTGGTTTTGTTTGGGTTTGTTCTAGGTATGGTCCCAGGGATCCCAGATCAAACCAGGCCCCTGGGCCTATCCTAGAACCAACCTAAAC 3 1 3' arm Equus_caballus mirbase mir-331 2e-39 mml-mir-331 2e-45 -42.32 ............(((((((((.((((((((.((((.(((((((..(.............)..))))))).)))))))))))).))))))))) (-42.32)