mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAAGACTTGCAGTGATGTTT ACATCACAGCAAGTCTGTGCT TGTTCTGTCCCCTGCACCCTGGGCGGGCGGCTGTTAAGACTTGCAGTGATGTTTAACTCCTCTCCACGTGAACATCACAGCAAGTCTGTGCTGCTTCCCGTCCCCATGCTGCCTGGGCAGGGT 3 0 5' arm Equus_caballus mirbase mir-499 1e-38 eca-mir-499 1e-65 -56.92 .(..((((((...(((.(.((((((((.(((.((..((((((((.((((((((((.............)))))))))).))))))))..)).))).))))..)))).).)))..))))))..) (-56.92)