mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATAGCATCATGAGCAATCA ACCGCTCATGATGTTATATCG CAAAAAAGATTGTATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTAAACTTTTTAGCAAAATGACCGCTCATGATGTTATATCGTTTCATGA TTTTTTTTTTTTTTGATTCAGGAATGCTGCTTTCAGTCAATGCAGCATTAAAATGATTAAATCATACTACTAAAGAACTGGATATACATGAAAGCAAATAGTGTAACAGCAGCTAATCATAATTTAAAGTTAAAGCTAAAAAAAATAACGATAAGCTTAAAATCCCAGTAAATTAAAAAGAGGTAGGTCTCTGAATCACCCAAGCTAGAGCTTAACACACAAACATCTACAAGTCCAAAAAAGATTGTATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTAAACTTTTTAGCAAAATGACCGCTCATGATGTTATATCGTTTCATGAAGCTGCCCTTTAGTCCTCTTTTTTGTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCCTGGGCCGGAAAAAGCTGCTAACTGCCCTTCCCACAATTGTAAAAACCATTTTCTATCGGAAACCGGCGCCAAGGGCAGGAGCCCAATAATCCGCTCCCTTGTCA 2 0 5' arm Theobroma_cacao mirnest 100 100 -23.9 .......(((.((((((((((((((((..(((...(((((...))))).....)))..)))))))))))))))).)))...... (-23.9)