mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTTGGTGGAGCGATTTGTC CAGCCTGCTAACTAGCTACG GGGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTATCTAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGCGGA CGGGAAGCAGTGCTTTCAACGCAGAACGCAGAGTACGCGGGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTATCTAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGCGGAGGTGATCCTCCGTGGCTAGCTTCTTAGAGGGACTATGGC 5 1 5' arm Theobroma_cacao mirnest SSU_rRNA_eukarya 3e-35 100 -22.9 ....((((...((((((((..((((..(((...((((.....((((....)))).)))).)))..)))).)))))))).)))). (-22.9)