mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAACAAACATTTATTGTGTGC CTCAGTAAATGTTTATTGGATG CCCAGCCTGGCACATTAGTAGGCCTCAGTAAATGTTTATTGGATGAATAAATGAATGACTCATCAACAAACATTTATTGTGTGCCTGCTAACGTGATCTCCACAGG 4 2 3' arm Equus_caballus mirbase 100 cfa-mir-545 9e-51 -38.02 .....((((.(((.((((((((((.((((((((((((....(((((.............)))))...)))))))))))).).))))))))).))).......)))) (-38.02)