mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGTACGTCTCCTTTTGCAGC TGCGGAAGATATGTGCCCGA ATCGCTAGTCAGAGTTCAATTGGGTACGTCTCCTTTTGCAGCTACTTTTGCTTCTTTTTATTATTCTCCTTGTCTTATGGCAGTTCAAACCAATCACAACATGTAACATTGGTCAAGGAGTTATAGTATTTACCTTAGAATTCAGGATTAATTAGTCCAAAGTACAGTCATATGACATGGTGTGATTGGTAATTGCAGGAATGCAAAAAGTGGTAGTTGCGGAAGATATGTGCCCGAACTCAATGTTTATTGAAC CGGGGTAGGCTGTAGCGGCAGCATAAATATACAGTGGTTGAGTGCTCTATATGACCCATCAACCTACAATGTAGTTGGACCACAGTGGAAAGATCGCTAGTCAGAGTTCAATTGGGTACGTCTCCTTTTGCAGCTACTTTTGCTTCTTTTTATTATTCTCCTTGTCTTATGGCAGTTCAAACCAATCACAACATGTAACATTGGTCAAGGAGTTATAGTATTTACCTTAGAATTCAGGATTAATTAGTCCAAAGTACAGTCATATGACATGGTGTGATTGGTAATTGCAGGAATGCAAAAAGTGGTAGTTGCGGAAGATATGTGCCCGAACTCAATGTTTATTGAACAGGCAAGGTCGTGATTGTGATTTGATAAGGACAAAAAAAAAAAAAAA 1 1 5' arm Theobroma_cacao mirnest 100 100 -67.2 .(((.(((.((((((((....((((((((.((.(((((((((((((((((((((((.((((((.((.((.((((.((((((.((....((((((.(((...)))...))))))...(((.(((..((....))..)))..))).(((((....))))).....)).)))))).)))).))...)).))))))....))))).)))))....))))))))))))))).))))))))))))))..)).))).))).. (-67.2)