mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGGCTGGCTCGATG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC TTTTGTCTTTGAGAGGAATGTTGGCTGGCTCGATGCGGGGGGCTTTGAGAGTGATCAAAGTGAAAGGTATCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAACATTTT CGGGGGGAAAACAAAAATGGGGGCCTTGGGATTTCTTTTTTTTTCAGTGTAGGAAAGGGTAATGTTTCCTCCTAATACTTCCCTTGCCTTCCTGTCTCAAATTTTCTAAGTCTTGTAGGGTTTCTGTGTAAGTGATGGAAGTGGTTTTGTCTTTGAGAGGAATGTTGGCTGGCTCGATGCGGGGGGCTTTGAGAGTGATCAAAGTGAAAGGTATCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAACATTTTCATTTTTTGCGGCTCTACTTCTTAGGCTTTTTGATCAGAGAGACTGAACAATTATTATTGGTTACAAAGGAGAAACGGTTGATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGTCATCTAGGTTGATCTTTATTTCCATGAAATTTTCTTGGATTAATTTCACTTTTTTTTTCCGGGAAAGTTTCTGCAATACATATAGCCCTATATGATCTCGGACCAGGCTTCCTTCCCCTCAACCAAAACAACTTCCTCTCTCTGGTTCTGTCCAGGTTCATCCGATGTTGTATCCAGGCCCATGTTT 2 2 5' arm Theobroma_cacao mirnest mir-166 0.000001 ptc-MIR166f 0.000000001 -35 ....((.((((((.((((((..((((((.(((((((.....(((((((......))))))).....))))))).))).))).)))))).)))))).))... (-35)