mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGGCTGGCTCGATG TTTGTCTTTGAGAGGAATGTTGGCTGGCTCGATGCGGGGGGCTTTGAGAGTGATCAAAGTGAAAGGTATCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAACATTT CGGGGGGAAAACAAAAATGGGGGCCTTGGGATTTCTTTTTTTTTCAGTGTAGGAAAGGGTAATGTTTCCTCCTAATACTTCCCTTGCCTTCCTGTCTCAAATTTTCTAAGTCTTGTAGGGTTTCTGTGTAAGTGATGGAAGTGGTTTTGTCTTTGAGAGGAATGTTGGCTGGCTCGATGCGGGGGGCTTTGAGAGTGATCAAAGTGAAAGGTATCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAACATTTTCATTTTTTGCGGCTCTACTTCTTAGGCTTTTTGATCAGAGAGACTGAACAATTATTATTGGTTACAAAGGAGAAACGGTTGATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGTCATCTAGGTTGATCTTTATTTCCATGAAATTTTCTTGGATTAATTTCACTTTTTTTTTCCGGGAAAGTTTCTGCAATACATATAGCCCTATATGATCTCGGACCAGGCTTCCTTCCCCTCAACCAAAACAACTTCCTCTCTCTGGTTCTGTCCAGGTTCATCCGATGTTGTATCCAGGCCCATGTTT 3 2 3' arm Theobroma_cacao mirnest mir-166 0.000001 ptc-MIR166f 0.000000001 -35 ...((.((((((.((((((..((((((.(((((((.....(((((((......))))))).....))))))).))).))).)))))).)))))).)).. (-35)