mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGTTGTCTGGCTCGAGG CGGGGGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACCAACTAGATCTATAATTCTATCTCAATTGATCAAAATTTTCTGTGGATTTTATTTTTTCGACTAAAGTTGAGATCATGATCATTGATCATAAGTTAGTGACGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTATTGCTTCCATG CGGGGGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACCAACTAGATCTATAATTCTATCTCAATTGATCAAAATTTTCTGTGGATTTTATTTTTTCGACTAAAGTTGAGATCATGATCATTGATCATAAGTTAGTGACGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTATTGCTTCCATGTTCCGTGATGTTTACTTTCGAACCTTTTCTTGATTTTTTTGCATTGATCTCCTGGCTGAAGAGATGGACTCCACTCCCTGGAGATGGTGAGCTTTGTGTAGTTGATCAGGCGGGGGCAACAGAGACCATACAGAAGTGAAATAGAGAAAGAAAAACAGGTGATTGAAAAGGTGAATGAAAGAGAAGCGTCATCAACAGGACAACCGTGATGGGTCTATGCAAGCTGCTTGCTTTTGTGTATGTTATGCCTCATTCTGTCATCAATTTCTGAAGCTGAGGCATATGCAACACTGAATGCCTTTAATGGTCTGACTCTCTCGTTCTCTCTCTCATATTTGCTAGTATATTATACAGTTGAGTCAACCTCAGCATTAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Theobroma_cacao mirnest mir-166 0.0000000000002 ctr-MIR166 3e-18 -45.6 .((.((.((((((((..((((((.((((...(((.((((.((((......((.(((((((((..(((((((..((....))....)))))...))....)))))))))...)).....))))...)))).)))...)))).))))))..))))))))))..))............ (-45.6)