mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC CGGGGGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACCAACTAGATCTATAATTCTATCTCAATTGATCAAAATTTTCTGTGGATTTTATTTTTTCGACTAAAGTTGAGATCATGATCATTGATCATAAGTTAGTGACGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATT CGGGGGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACCAACTAGATCTATAATTCTATCTCAATTGATCAAAATTTTCTGTGGATTTTATTTTTTCGACTAAAGTTGAGATCATGATCATTGATCATAAGTTAGTGACGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTATTGCTTCCATGTTCCGTGATGTTTACTTTCGAACCTTTTCTTGATTTTTTTGCATTGATCTCCTGGCTGAAGAGATGGACTCCACTCCCTGGAGATGGTGAGCTTTGTGTAGTTGATCAGGCGGGGGCAACAGAGACCATACAGAAGTGAAATAGAGAAAGAAAAACAGGTGATTGAAAAGGTGAATGAAAGAGAAGCGTCATCAACAGGACAACCGTGATGGGTCTATGCAAGCTGCTTGCTTTTGTGTATGTTATGCCTCATTCTGTCATCAATTTCTGAAGCTGAGGCATATGCAACACTGAATGCCTTTAATGGTCTGACTCTCTCGTTCTCTCTCTCATATTTGCTAGTATATTATACAGTTGAGTCAACCTCAGCATTAAAAAAAAAAAAAAA 5 0 5' arm Theobroma_cacao mirnest mir-166 0.0000000000002 ctr-MIR166 0.000000000000002 -45.5 ....((.((((((((..((((((.((((...(((.((((.((((......((.(((((((((..(((((((..((....))....)))))...))....)))))))))...)).....))))...)))).)))...)))).))))))..)))))))))).... (-45.5)