mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATTGGACTGAAGGGAGCTCC AGCTCCTTTCAGTCCAATACA GGGGGGCTAAGGAGCTCCTTTCAGTCCAATACAGGGGGCAGAGATGTGGATAGAGCTGCCATCTCATGCATTGGGTTATGCTTAGTGTTTTATTGGAAAGATTTGCCAATATTCATCACCCAAAAAAGAGGGAGAAGATTATGAATGTTGAGTTTAGCCCGATGCATGGTGTGGGAGCAACTCCTTCCACATACTTTGCCCACCCATTGGACTGAAGGGAGCTCCTGGTTTCAT CGGGGAGAGTTTTGAGGAGAAAATAAGTAGAGAGGGGGGCTAAGGAGCTCCTTTCAGTCCAATACAGGGGGCAGAGATGTGGATAGAGCTGCCATCTCATGCATTGGGTTATGCTTAGTGTTTTATTGGAAAGATTTGCCAATATTCATCACCCAAAAAAGAGGGAGAAGATTATGAATGTTGAGTTTAGCCCGATGCATGGTGTGGGAGCAACTCCTTCCACATACTTTGCCCACCCATTGGACTGAAGGGAGCTCCTGGTTTCATCTCCATGCACTGCACCTGTTTAGGAGAGCAAATATTCCCAAAATCCTGTTTTGATCTTGTCTTCGAACTCATCTGCCCTTTTTTTTTTTTCTTTTCTCAATCCCGGCTTAACTTGTAACTTTTTTTCAACTCTTTTCAGGTTTTTATCCAGCTTCGCAGTGACTAAAATGGAGATCAAAGTGCTGTGGAAGTTGGCAGGTTGCAGCTCAGAGAGTAAACTTGACTGAGAGGATTGCCGTGACATTCCAAGAACAAAGCCTCAAGATTAAGAAGTTCCCACTCTTTCCACCATCTTCAGTTGTCCTGCACTGGGCAAAACTTGCAGATGCTGCAAGCTGACCAT 1 0 3' arm Theobroma_cacao mirnest MIR159 3e-25 ptc-MIR319e 2e-23 -108.6 ..(((((((.((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((..(((((.((((.(((((((((((((((.(((((((((((((((((.........)))))).((.((.(((........))).)).))....))))))))))).))))))))))))))).)))).)))...))..))))))).)))))))).)).))))))))))))))))))))))))))).. (-108.6)