mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCACA TGCTCACTGCTCTTTCTGTCAGA CATAAAGAAAGATCTCTGGAGATGGAAGAACTGCGAGTGAATGAGTTGGGACAAAAGAAAAACATAGCAACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAAGTAATCTGCATATACTGCATTTGCTTCTCTTGCGTGCTCACTGCTCTTTCTGTCAGATTCTAGTGCTGATCTCTTTGGCCTGTCCTTGTTCTCTTTGTCTCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCACAT GGTAAGAGAGATAAAGAAACCGACAAAAGCCATAAAGAAAGATCTCTGGAGATGGAAGAACTGCGAGTGAATGAGTTGGGACAAAAGAAAAACATAGCAACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAAGTAATCTGCATATACTGCATTTGCTTCTCTTGCGTGCTCACTGCTCTTTCTGTCAGATTCTAGTGCTGATCTCTTTGGCCTGTCCTTGTTCTCTTTGTCTCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCACATACACAATCTCTCTCTACTTCTCTTGTTCATCTCAAATAAAGGTAAGCTTAATATGCGATTTAAACGATGGCTTGTTCCTTGTATAGATCTGATTGCATGCGAGGTGATAGCTTTAAACTTTCACCATTCATTATAGTTTAATGTATGAGTAGTATCGAGAAAGCTTAATCTATGAGTTTACGCGTGGTTAAATGAAATTAAGCAAGTTAACCTAGTTTTTAATAGGCTGGTCCTTAATTTTCTCGATTCATGTATATATTATACTATCATTTATTTTTCCCTTTTCTCGGGCTTTTTAATCCCCAGCTCCCTACTTTTTATACTCAGATACATATATCATTTGATTCATGTGATCATCATATCATCTCATTATGCGTGTATAAGATGTTGCAAGAGTACTCTGGTCATGATATNTGCATTATAAGAAAGAGTCGCCGGCTTC 1 2 5' arm Brassica_napus mirnest mir-156 4e-24 aly-MIR156a 2e-53 -66.3 ......((.(((.....(((((.(((.((...(((((.(((((((.((((...(((((......(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((..((((.....)))).))))))...))).))))))))).))).))))))))).......)))))...)))))..))))..)))))))..))))).))..))).)))))...))).)).... (-66.3)