mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTCCCAAAATATAAGCA CTTATATTTTAGGACGGAGGG CAAACATACTACTCCGTCCCAAAATATAAGCAAAAGGAGGTCAACAAAAGTGAATGTATCTGGACTAAATTTTAAACCAAATACATCAATTTTCATTGACCAATTTTTGCTTATATTTTAGGACGGAGGGAGTATTAT GTTTTTGTTTTTGTGGTACACGATTATAGGGAAATTCTACAATGTTACTTTTATTATTATAAGTGGCTTATGACAAACACTTACGTATTGTTTGACCTATGTGGCACATGTATTTGGGCCGCCTCTAGTTTTTAATATATTATATGCTAAATTTTTACATCAAACATACTACTCCGTCCCAAAATATAAGCAAAAGGAGGTCAACAAAAGTGAATGTATCTGGACTAAATTTTAAACCAAATACATCAATTTTCATTGACCAATTTTTGCTTATATTTTAGGACGGAGGGAGTATTATACTAGCGTGCCTTTATAATGGGGCAAATAACCCTTTTGGTCTTTGGAACTGTATCTCGATATCACATTCGTCTTTGAATGTATTGAAATTGCAATTAGGTCCCCAAGTTTTTTAGGTAGTCATTCTGGTCTTTATTAAGTTTTTACTTCAAATTAATATATTCAAACCGAGCCACAAACACCCTTATTTATTCATATATAATTTATCAAAGAAGCGTGTTCAATACCTTGATATTATCTATGAATTCGTTTACTAGATCCGGCA 1 0 5' arm Trifolium_pratense mirnest MIR1122 6e-22 100 -53 .....(((((.((((((((.((((((((((((((((..((((((.((((.(((.(((((.(((.............))).)))))))).))))..))))))..)))))))))))))))).))))))))..)))))... (-53)