mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTCCGTCCCAAAAT TTTGGGACGGAGTAGTATGT ACTTCTGTGCGAAGTACTCCCTCCGTCCCAAAATATAAGCAAAAATTGGTCAATGAAAGTTGATGTATTTGGTTTAAAATTTAGTCCAGATACATTCACTTTTGTTGACCTCCTTTTGCTTATATTTTGGGACGGAGTAGTATGTCGTATGAAGA TTAGAATAATAAAAATCACTTCCATAAACCATATTTGTAACAATAATCTTAACAATAATCAGTAAAAATTGGCTAGCATTACATTATCAAAGGTCCAATTTTGGAACTACAAATTTGAGTGGAAATTTCCACACCCCTCAGTATCACTTCAGACGGAAAAAACATGAATTTTGCACTGTACTTCTGTGCGAAGTACTCCCTCCGTCCCAAAATATAAGCAAAAATTGGTCAATGAAAGTTGATGTATTTGGTTTAAAATTTAGTCCAGATACATTCACTTTTGTTGACCTCCTTTTGCTTATATTTTGGGACGGAGTAGTATGTCGTATGAAGAGGAAATTCTTCGAAAGCCGGCTGCAGAGGATCAAATTCGCTCTCCTTGAGACCTGCAAAACTCTCAAGACCATGCTTCAATATGAAATTTACCACACTTTTCTAATGCTTGAATCCACCTAACTGCATCTTCCCTTGAAACCTCATTTTCTTTAGATACAATCTCCTCAAAAGCTGATGTTACATCTGTAGGCATTTTGGTAGAAGAACCTGCTATATAAACAGCAGCTCCTTCGGCTAATAGGTTC 1 1 5' arm Trifolium_pratense mirnest MIR1122 2.0E-25 osa-MIR818d 8.0E-6 -79 .((((.((((((.(((((..((((((((((((((((((((((((...(((((((((((((.(((((((((((.((((...)))).))))))))))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))). (-79)