mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGAGAGTAAT TACTCCCTCTGTCCCAAAATA CCTATTAAGTACTCCCTCTGTCCCAAAATATAAGCAAAAAGGGGTCAACAAAAGTGAATATATTTGGACTAAATTTTAAACCAAATTCATCAACTTTCGTTGACCACATTTTGCTTATATTTTGGGACAGAGAGAGTAATATATTA CACTAAGATATGGCTTCCTTTAGCTTCTTAGTGTTTCTCCTTGTTGCTCTAATTGTTATTCCTCATGGGCTTTCACAGTATGGGTATGGGCCAATTCCCCCTCAGTATTCCGGCCCTGGTCATCCACCCTATAGACTACCAACTGAGAAGTTACCGGCCGGATACTCGCCTTCACAGGAGAAGCCATCGGTGTACAAACCACCAGTAGAGAAACGGAAATCATCACCTACCTCTAGGGGACCAGTTGACAAACCACCGGTTGAGAAGCCGTCTGTCTACAAGCCATCAGCTGAGAAACCAACTTATACGCCATAAGTTGAGAAGCCAACGGTTTATTAGTCTCCATAGGAGACACCAAGTTAATGCCCAAAGTACTCCAGAAGATGATGCCCAAAGTACGATAGCATTAAATATATGCCTATTAAGTACTCCCTCTGTCCCAAAATATAAGCAAAAAGGGGTCAACAAAAGTGAATATATTTGGACTAAATTTTAAACCAAATTCATCAACTTTCGTTGACCACATTTTGCTTATATTTTGGGACAGAGAGAGTAATATATTATATAGTTTAAATAAAGCAAAGGATTTTAGGTTTTTAATTAGCATCTAATTTCAAACCTTTGTTTACATTGCTATATGTTGCCAAGACAATAAGGTGGATGTAAAAGGAGCAAGAACATATATATGAATAAGAGCTCTACTATTATTAATTTCTAAATTGCCTCAATAAACTCATGTACTTAATAATTAGATTTAGTAAATGAACTCAAATAATTGTTGGTCAAGTG 3 0 3' arm Trifolium_pratense mirnest MIR1122 0.000000000000002 osa-MIR1862d 0.00003 -59.7 .........(((((.((((((((((((((((((((((((...(((((((.(((((......((((((.............))))))......))))).)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))........ (-59.7)