mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGAGAGTAAT TACTCCCTCTGTCCCAAAATA CCTATTAAGTACTCCCTCTGTCCCAAAATATAAGCAAAAAGGGGTCAACAAAAGTGAATATATTTGGACTAAATTTTAAACCAAATTCATCAACTTTCGTTGACCACATTTTGCTTATATTTTGGGACAGAGAGAGTAATATATTA CACTAAGATATGGCTTCCTTTAGCTTCTTAGTGTTTCTCCTTGTTGCTCTAATTGTTATTCCTCATGGGCTTTCACAGTATGGGTATGGGCCAATTCCCCCTCAGTATTCCGGCCCTGGTCATCCACCCTATAGACTACCAACTGAGAAGTTACCGGCCGGATACTCGCCTTCACAGGAGAAGCCATCGGTGTACAAACCACCAGTAGAGAAACGGAAATCATCACCTACCTCTAGGGGACCAGTTGACAAACCACCGGTTGAGAAGCCGTCTGTCTACAAGCCATCAGCTGAGAAACCAACTTATACGCCATAAGTTGAGAAGCCAACGGTTTATTAGTCTCCATAGGAGACACCAAGTTAATGCCCAAAGTACTCCAGAAGATGATGCCCAAAGTACGATAGCATTAAATATATGCCTATTAAGTACTCCCTCTGTCCCAAAATATAAGCAAAAAGGGGTCAACAAAAGTGAATATATTTGGACTAAATTTTAAACCAAATTCATCAACTTTCGTTGACCACATTTTGCTTATATTTTGGGACAGAGAGAGTAATATATTATATAGTTTAAATAAAGCAAAGGATTTTAGGTTTTTAATTAGCATCTAATTTCAAACCTTTGTTTACATTGCTATATGTTGCCAAGACAATAAGGTGGATGTAAAAGGAGCAAGAACATATATATGAATAAGAGCTCTACTATTATTAATTTCTAAATTGCCTCAATAAACTCATGTACTTAATAATTAGATTTAGTAAATGAACTCAAATAATTGTTGGTCAAGTG 3 0 3' arm Trifolium_pratense mirnest MIR1122 2.0E-15 osa-MIR1862d 3.0E-5 -59.7 .........(((((.((((((((((((((((((((((((...(((((((.(((((......((((((.............))))))......))))).)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))........ (-59.7)