mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGAGAGTAAT TACCCTCTGTCCCAAAATA ATATGCCTATTAAGTACCCTCTGTCCCAAAATATAAGCAAAAAGGGGTCAACAAAAGTGAATGTATTTGGACTAAATTTTAAACCAAATTCATCAACTTTCGTTGACCACTTTTTGCTTATATTTTGGGACAGAGAGAGTAATATATTATATAG CTAAGATATGGCTTCCTTTAGCTTCTTAGTGTTTCTCCTTGTTGCTCTAATTGTTATTCCTCATGGGCTTTCACAGTATGGGTATGGGCCAATTCCCCCTCAGTATTCCGGCCCTGGTCATCCACCCTATAGACTACCAACTGAGAAGTTACCGGCCGGATACTCGCCTTCACAGGAGAAGCCATCGGTGTACAAATCACCGGTGTACAAACCACCAGTAGAGAAACGGAAATCATCACCTACCTCTAGGGGACCAGTTGACAAACCACCGGTTGAGAAGCCGTCTGTCTACAAGCCATCAGCTGAGAAACCAACTTATACGCCATAAGTTGAGAAGCCAACGGTTTATTAGTCTCCATAGGAGACACCAAGTTAATGCCCAAAGTACTCCAGAAGATGATGCCCAAAGTACGATAGCATTAAATATATGCCTATTAAGTACCCTCTGTCCCAAAATATAAGCAAAAAGGGGTCAACAAAAGTGAATGTATTTGGACTAAATTTTAAACCAAATTCATCAACTTTCGTTGACCACTTTTTGCTTATATTTTGGGACAGAGAGAGTAATATATTATATAGTT 3 2 3' arm Trifolium_pratense mirnest MIR1122 2e-19 100 -60.6 (((((..(((....(((.((((((((((((((((((((((((((.(((((((.(((((..(((.((((((.............)))))).)))..))))).))))))).))))))))))))))))))))))))))...)))..))).))))).. (-60.6)