mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCGTCATCATCATCATCC AAGAGATAGATGATCAGTGTG CTTCCTTATCATCTTCGTCATCATCATCATCCTCGTCTTCATCCTCGTCAGCATCATCTTTGTCATCTTCTTTCACGTCCTCGACAATTGGAGCTTCGTCCTCCTCGGGTTGGGGTTTCTTCTTGAGGGTTTCATCGACGGCGGGAATTTGTTGTTCAAGTTCGGGTTCGGTGGTAGCGGCGTCAATAACTGGACCTGGAGCCATGGTTGATTTGGGAATTCACTCGGCGGAAGAGATAGATGATCAGTGTGAG CCTCCTCAGGCTGTGCTACACCAGCAATTGCACCTTGGTCCTGTTTGGCCATTACAGATCCCATATCTGGCATCCTGAACTGCTGGGCAGCTTGTGTCTGCAACTGAGAGCTCAAGTCCTCTATTTTTGCTTCCCCAAATATGATGTAGGTCTCAGAATTTGGACTCTTGAATACATCAGGCTTTGAGATGAAAAAAAGAATATTTTTGGTTCTCTTGATTGTGACCCTACTGACGCCGGTGACGGGTTTCAGTCCAAGCTTCAGCATTGCTTTTCGGCTCTTCTTCTCACTTCTGCTTTGCTTTGAACCCTCAGTACCACCTAAAGCGCCGTCTTCCTTATCATCTTCGTCATCATCATCATCCTCGTCTTCATCCTCGTCAGCATCATCTTTGTCATCTTCTTTCACGTCCTCGACAATTGGAGCTTCGTCCTCCTCGGGTTGGGGTTTCTTCTTGAGGGTTTCATCGACGGCGGGAATTTGTTGTTCAAGTTCGGGTTCGGTGGTAGCGGCGTCAATAACTGGACCTGGAGCCATGGTTGATTTGGGAATTCACTCGGCGGAAGAGATAGATGATCAGTGTGAG 3 2 5' arm Trifolium_pratense mirnest 100 100 -61.2 ........((((.((.(((((((((.((.((((((......((((.((((((....((..((..((((((........(((((((....((((.......))))....))))))).........))))))..))..)).(((..((((.....))))...((((((((((((................)))))))))))))))...))))))..)))).......))).))).))))).)))))).)).)))). (-61.2)