mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCACA TGCTCACTCTCTCTATGTCATA GAAAAAGAAGTTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAGGGGGAATTGTATAAAATTAAGTTTGTTGTATATAGTTGCTTTTGCGTGCTCACTCTCTCTATGTCATAACTTCTCC GCCTGCAGGACCGGTCCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGATTTTTTCTACTCTCTCTTGATAGAGAGATAAAGAGAAAGAGCCAGCACACATATATGCTTATATTTTGCATGGAGAGAGTGAATATTTATATAAGATTAACCTTTCTTTCTCCATACCAGTTTCAATTCTGAGTCGTATCTTCATCACCTTTTGTTTCTAGCTTCAGTTCTTTAAAACGAAAAAAAATCTAGAGCTGAGAATTAGAGAAACCCTAGTTAGTGTCCGTACTTAGATATTTTACTTTCCTTTTATGGATTCATAGATCGAGGTCTTGTTAGTTGTTATTATTCCCAAATCTGATCTCAAGTACCTTCGATCTGTACTTGCAACTTCTCTCTTTTTATGTTTTACTTTCTTTTATCATCAGTTTCTGAGCTAGTTTTTCCTAGCTATATATACACATATGTTGTTTCTCTTCAATATATTAAATTTCTTATATGTTCATGTTGATGGGGAAAAAGAAGTTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAGGGGGAATTGTATAAAATTAAGTTTGTTGTATATAGTTGCTTTTGCGTGCTCACTCTCTCTATGTCATAACTTCTCCTTCTTGGATCTTCACTGAATCCTAGTGATTATGTGTTCATATTATGTCTATCCATACCAAGTTATGTATATGCATTATATATGTTGTATCTCATTCTTTATTTTATAATCTTAAACTGATTGGCATTAGATTTAGCTTCAAAG 3 1 5' arm Brassica_napus mirnest mir-156 2e-18 ath-MIR156d 7e-30 -43 .....(((((((((((..(((((((((((((.((((((...(((((((((.(((.......))).))))))))).)))))).)))))))))))))...)))))..)))))).. (-43)