mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCATCA GAAGTGATGGTGGTGGTGGGG ATTGGAAGCTTTGGAAGTGATGGTGGTGGTGGGGAAGTTAGGTTTCCTTGGGAGAAATCAGTGGTGGTGGATGAAGAGGAAGAGGAGAGGAGGGTTTTCCTGCAGCCCGGGGGGATCCACTAGTTCTAGAGCGGCCGCCACCGCCTCCTCCAGCTCCTCCCTTCTTCCCTTCAGATCCATCTCCCTTGGAACCAATTTGTTTCCTTTGTCCAGTGAATTGGGAGTCGAACTGATATCAACCCAGTCGGAGTTGTGACAAACTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAT ATTGATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCTACTAGTCATATGGATTTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGTCAAGGTTCTGGAAATGGGCATTCATCAAAATCTGATTTTTCAAGCTCTGATGATGAGGGTGTTGGTGGTAGTAGAATGGATAGGATTGTTGAAAAATTGAAGAAATTTGGGTATGAGAGTGATGAAAATGAGAATATGGATCATAGAATAAATGAGAGAGTGATTGAAAAAGGGTCAGTGGAGGATATATTTCATGTGGAAGAAGGAATGTTGCCTAATACAAGAGGTGGATTTTCGCCGGAATCGCCATTTGGGATTGGAAGCTTTGGAAGTGATGGTGGTGGTGGGGAAGTTAGGTTTCCTTGGGAGAAATCAGTGGTGGTGGATGAAGAGGAAGAGGAGAGGAGGGTTTTCCTGCAGCCCGGGGGGATCCACTAGTTCTAGAGCGGCCGCCACCGCCTCCTCCAGCTCCTCCCTTCTTCCCTTCAGATCCATCTCCCTTGGAACCAATTTGTTTCCTTTGTCCAGTGAATTGGGAGTCGAACTGATATCAACCCAGTCGGAGTTGTGACAAACTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAACCAGGAATTCCTAAGGTCAAAGTAACCCAAAAACTTGAGTCGAGGAAGTGGAAGAGCTTATCGATACCGTCGACCTCGAAATCGGATCCCCGGGGTACGGAGCTCGAATTCACTGGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGGGTTTCCCCACTTTATCGCCTTGAAGACATCCCCCTTTCGCCAGCTGGGGGTATTACCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTTCCCAAAAGTTGCGCAACCCTGATTGGGCGAATGGGAATTGTAAAGGTTTAAAATTTTGGTTAAAAATTCCCGGTTAAAATTTTTGGTTATAACCCAGCTCC 2 0 3' arm Trifolium_pratense mirnest 100 100 -94.3 ..(((......(((..(((((((((((((((((...((((...(((((((((.((.((((((((.(((((((((((.((((((((.((((((((((.......))))).((((((....(((....))).((((......)))).))))))...))))).)))))))))))))..)))))).)).((((..(((((((................)))))))...)))))))))).))..)))))..))))...))))...)))))))))))))))))..)))......))). (-94.3)