mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATGTACCCATA CAGAGTACATACTTCTTTATGTACCCATATGAACATACAAGGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTTTGG 1 1 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-1 3e-34 eca-mir-1 7e-32 -28.9 ((((((((((((((((((((((..(((((....(......)..))))).)))))))))))))))))))))). (-28.90)