mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTGGTTATCTAGCTGTATGA TCAAGCTAGATAACCGAAAGT GGAGGCCCGTTTCTCTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGCCACAGAGCCGCTCTCAAGCTAGATAACCGAAAGTAGAAATGACTCTCA 3 2 5' arm Macaca_mulatta mirbase mir-9 1e-18 ppy-mir-9-3 2e-36 -41.2 .((((..(((((((((.(((((((((((((((....(((((.(.....).)))))...))))))))))))))))).)))))))..)))). (-41.20)