mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACCGAGGGAGTATT TACTCCCTCCGTCCCAAAATG AAAATGATTATGTTTTACTCCCTCCGTCCCAAAATGATTTTCCACTTTGCTATTAAATTTTATAGCAAAGTAGACAATCATTTTGGGACCGAGGGAGTATTATATATGGAATA ACCGGTTGTCTTCAGGCTAAGGTTTATTTACAACGCGAGGTAACATTTTGCTATAGGTTAAATAGATCGTTTTCATAGCTATCACTAACTGTAGTTTGCTTTTCTATATTCACGTTTGGGGATTTTTCTGGATGTAGTTATTCATTAAATATGATTATAAGGCGCACGGACGGCCAAGATTTGGGTTGAGCTTAGGACTTTTTGTCAATTGTCTCAATACCTTTTCAGTTCCGGGCCGCTCCAACATTCTTGAACTCTGTTATCCAGGGCCCGACATGCAACTTCTGCTCCGATCTGTTGATTCTCTGGACGCCTGCATTTATGCGGAGATTAGAACAAGGATACCAGAGACTATCTCATGGGACTACAACTTTGAACCTGCTGGAAGCACTCCTTTGAGTTTCACGGTTAAAGTATTTTTTTCTAACCAATACTTAAACTACATATAATCCCTACTTTAACTTTTAATGTATGGGATAAATGAAATAAAAATTTGAACATCCTTTGCAAGATAAAGAGTTAAAGACAGTAACGAATATGATATTTTATATTACCATGATAATTTTAGAACTACAGTTATGTGGATATTAACTTCTTCTTTGGGCCAATTAAAATCTGATCATTATACCATGTTGCTTATAATTTAAAATGATTATGTTTTACTCCCTCCGTCCCAAAATGATTTTCCACTTTGCTATTAAATTTTATAGCAAAGTAGACAATCATTTTGGGACCGAGGGAGTATTATATATGGAATACATTTAAACTATTCCTAGAATGCGTTATTCTCGTATCATTTCT 3 0 3' arm Triphysaria_pusilla mirnest MIR1122 0.0004 tae-MIR1122 0.0003 -52 ........(((((..(((((((((.((((((((((((((.((.((((((((((........)))))))))).)).)))))))))))))).)))))))))..)))))....... (-52)