mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAGGTGAGGTTCTTGGGAGCC TCCCTGAGACCCTTTAACCTGTGA TGCCAGTCTCTGGGTCCCTGAGACCCTTTAACCTGTGAGGACATCCAGGGTCACAGGTGAGGTTCTTGGGAGCCTGGCGTCTGGCC 5 2 3' arm Macaca_mulatta mirbase lin-4 2e-27 mml-mir-125a 1e-43 -47.1 .(((((.(.(..((..((..(((.((((..((((((((((....))....)))))))))))).)))..))..))..).).))))). (-47.10)