mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTCCCCTTCAACCAGCTGT AGCTGGTAAAATGGAACCAAAT ACAATGCTTTGCTAGAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCGCCTCTTCAATGGATTTGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTATGCATTGA 6 3 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-133 6e-21 ppy-mir-133a 3e-44 -33.9 .((((((...((((.(((((((.....(((..((((((............)))))))))......))))))).))))...)))))). (-33.90)