mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGTCCCCTTCAACCAGCTG GCTGGTAAAATGGAACCAAATC GGGAGCCAAATGCTTTGCTAGAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCGACTGTCCAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTGTGCATTGATGGCGCCG 5 0 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-133 1e-28 hsa-mir-133a-2 4e-53 -47.5 .((.(((((((((...((((.(((((((..((.((.((((((((.(........).)))))))).)).))..))))))).))))...)))))..)))).)). (-47.50)