mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACACTGTCTGGTAAAGATGG ATCTTCCAGTACAGTGTTGG TGGCCGGCCCTGGGTCCATCTTCCAGTACAGTGTTGGATGGTCTAATTGTGAAGCTCCTAACACTGTCTGGTAAAGATGGCCCCCGGGTCGGTTT 0 3 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-8 4e-31 ggo-mir-141 2e-45 -53.6 .(((((((((.(((.(((((((((((.(((((((((((...((.......))...))).))))))))))))..))))))).))).))))))))). (-53.60)