mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAGTATAGATGATGTACT GATATCATCATATACTGTAAG TGGGGCCCTGGCTGGGATATCATCATATACTGTAAGTTTGTGATGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTAGTCCGGGCACCCCC 1 1 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-144 3e-38 mne-mir-144 1e-43 -44.4 .(((((((.((((((.((((((((.(((((((((.((((......))))..))))))))))))))))).)))))).)))).))).. (-44.40)