mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATTATCTTCA GTGGTGATGGTGATGATGGTG CTTACTTTTAACACGACCATCATCATCGTGGTGGTGGTGATGGTGATGATGGTGGTGGTGAAAAATAATCGACATTTTATCTTTCATCCTCTTCCACATTCCCTTTTGTTTTTCACCCTTGTTTTTCCTGTTAGAATTGCGGACCCTGTTAGGGCTCGGTCTCTTTGATGCTAACAAGTATGTGGATCTTGAACTGGCAATCGATTCGCGATCCGCCACACTACTAGTGGATGAGTAAACATTATCATCATCATCATCATTATCTTCAGTGTTGTTCCCCGTATAACTATCATACTTG AATAGCATGGTTCCTTTTTCGCCCTTGGCTTGATCGCGGCCTAGGTGTACAACGCTCTTTCTTGGTATACATTTTTTTTTTTTTTTGGCTGTTTTGATTTTGAATGTCGAACATGTCTCAATAGACCTTCCATAAGCCCATGAAAATGACTTGGTTGATTCTTTTCACGGACCATCATCGACTTCTTCACTTTCTCTACCGCCTTCTCCCCATATTCCTCCGCATCTCGTCCGTTAAAAGTAATCTCTTTCTCCAAACGGCTAGTCTTGGTCTTACTTTTAACACGACCATCATCATCGTGGTGGTGGTGATGGTGATGATGGTGGTGGTGAAAAATAATCGACATTTTATCTTTCATCCTCTTCCACATTCCCTTTTGTTTTTCACCCTTGTTTTTCCTGTTAGAATTGCGGACCCTGTTAGGGCTCGGTCTCTTTGATGCTAACAAGTATGTGGATCTTGAACTGGCAATCGATTCGCGATCCGCCACACTACTAGTGGATGAGTAAACATTATCATCATCATCATCATTATCTTCAGTGTTGTTCCCCGTATAACTATCATACTTGCTCTCGGCCCCACTGTCACTACTACTCCNTGTA 4 0 3' arm Triphysaria_versicolor mirnest 100 100 -75.474 ........((((((.((((((((....))))))))(((((((((((((((((((((((((((((((((.....................................))))))))))))..(((((.(((.(((((.((((.(((((..((....))..)))))...)))).))))).((((.(((((((.((((.(((...))).)))).))))))).....))))...))).....)))))..)))))))))))))))))))))....))))))......((((.......))))... (-75.474)