mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACATTCAACGCTGTCGGTGAGT CACTGACCGTTGACTGTACC AGAAGGGCTATCAGGCCAGCCTTCAGAGGACTCCAAGGAACATTCAACGCTGTCGGTGAGTTTGGGATTTGAAAAAACCACTGACCGTTGACTGTACCTCGGGGTCCTTA 2 3 5' arm Macaca_mulatta mirbase mir-181 5e-28 mne-mir-181a-2 4e-56 -49.9 .((((((((....)))...))))).(((((((((.(((.(((.((((((..(((((((.((((...........))))))))))))))))).))).))).))))))))). (-49.90)