mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGCTGCCCTTGTTTTTAA AAAAGCAGAGGCGGCAAGACC AGCCATGTAGATTTTGCTGCCCTTGTTTTTAATACTTACCACTTGCTTTATCATATTCTTAGCCGACAAAGACTTTAGGGCTTTGGTGCACATATTATCTGGAATTCTGGATTCTCTTTTGATATCTCTTAACAAGATGCCTGAATCCCCTGTGTTCTTGATCAATCTGAGGATTGTGCTTTCGGCATCTCCGACCGGGCCGGGCAGTTGGGTTTCGGGTCTTTTCCTCTTAAGGAGGGAGGGATTGACAGGTGGTCGACTCATTCCGATATGTTGGTTGATCAGAAAAGCAGAGGCGGCAAGACCGGACGTAC ACCAATCGCCGCCACTGAGTTCCTTAGACGGTTCAAACTCAACAGCCATGTAGATTTTGCTGCCCTTGTTTTTAATACTTACCACTTGCTTTATCATATTCTTAGCCGACAAAGACTTTAGGGCTTTGGTGCACATATTATCTGGAATTCTGGATTCTCTTTTGATATCTCTTAACAAGATGCCTGAATCCCCTGTGTTCTTGATCAATCTGAGGATTGTGCTTTCGGCATCTCCGACCGGGCCGGGCAGTTGGGTTTCGGGTCTTTTCCTCTTAAGGAGGGAGGGATTGACAGGTGGTCGACTCATTCCGATATGTTGGTTGATCAGAAAAGCAGAGGCGGCAAGACCGGACGTACGGCGGCGAGTGGAGATTGAGGTTTGGTTCGTAACTGAGCGTCTTATTGTTTCTTATTTGTTTTGGAAAAATGCATAAAATGATAAATCGGTCACAATTAGGTTTTCTGAGAGATTGTTCGGATGGATAATCC 3 0 5' arm Triphysaria_versicolor mirnest 100 100 -80.9 ....((((...((((((((((.((((((((.......((((...((..((((..((((((((..(((((.(((..(((((.(((((.(((.((((((...((((((...))))))....)))))).((((...))))))))))))..))))).))).))).))...))))))))..((((..((((............))))))))..(((((((((.(((..((((((((.....))))))))..)))...)))..))))))....)))).)))))).......)))))))).))))))))))....)))).. (-80.9)