mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATCATGTGGCAGTTTCACC TGAAGCTGCCAGCATGATCTTA AGAGGCGCACCAGCATCTGATGAAGCTGCCAGCATGATCTTAACTTCTCTCTCTATATATTATATATGTAGATTTGATCAGGGAAGATCAGATCATGTGGCAGTTTCACCCGTTGATGGTTGCATCA CAGTATTGTACTTACCATATGTAGGAGAGGCGCACCAGCATCTGATGAAGCTGCCAGCATGATCTTAACTTCTCTCTCTATATATTATATATGTAGATTTGATCAGGGAAGATCAGATCATGTGGCAGTTTCACCCGTTGATGGTTGCATCAATAAAACCCTAATCGTGATCCCATTTGCTTTTTTCATATGTCTGTAATTTGATGGTTCCCTAATTTATTTTAGTTGATCAAATCTCGAAGCGAAAGTGCCGCCATATCAAGAAAGTAGGTCTTGAATCGAGAAAGCCTCAATCTTTCTACATGGTTCTTCACTTGTAAGTCAATATTATTGAATTTTATGAGTTTATGTATTAATTTGTGTATAAGAGTCCTAATTTTTATCCAGGATTTATATATGAACAAATCGTCAAATGATTTTTTTGTAAGATTATTTGATTAAAAACGAAAGTTTGTGAACATGTCTTTCCTTTGATTTTTATTTATATGTATGGGATGAGATGTTGGGTTGTGGCTAGAATTTCTATATTCAGAATTCAAATTCACAATTTTAAATGATTTTGGTATGAACCTGTTAAGTTTTTTCTTTAATTAAGACATGAAAAAGAGTAAATCAAGTTAAACTAGTCGTATTTATGAGTTATGATAGCGAAGCGTACGTGTGTACGTATATGTTTGTACATGCTTAAATTCTTATTTTTGTCAACTTATACATGCTTTTTTTTTTTGTGAATCTGACTTATACATGCTTTAAATAACAAAAGTAATACATGTATGTATTAGGGTTTTTTCTAAAACCGACATAACTCATAAGTGTAGTTGTATAGTATCTATTTTGTGGGTCTCGATGCGGCTAATAAACTTTTATTTT 2 1 3' arm Brassica_napus mirnest MIR167_1 0.0000000005 bra-MIR167d 0.000000000007 -45.4 .((.(((.((((.((.....(((((((((((.((((((((...(((((((.(((((((((...))))))))).......)))))))...))))))))))))))))))).....)).))))))).)). (-45.4)