mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGCC CTTATATTTAGAAATGGAGGA CATTATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGCCTTTTTAGATATTCCAATATGGACTATATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCCAAAATATGTCTATATACATCCGCATGTAGTCCGTATTCAAATCTTTAAAAGGGCTTATATTTAGAAATGGAGGAAGTAGTAC TTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGACACTACTCGTGTTTTTTCTTTATTGAAAAATAGAAGAAAGACATCATTCCAGCAACAAGCAGTCAGTGCCAGTACCCAGCATGGAGTACCTCACACCATGACATCACCAGATAGAATAGCCAGCATGGAACATTCCATTATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGCCTTTTTAGATATTCCAATATGGACTATATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCCAAAATATGTCTATATACATCCGCATGTAGTCCGTATTCAAATCTTTAAAAGGGCTTATATTTAGAAATGGAGGAAGTAGTACCCATACATGAGTCCCAGGAGATTGAGAAACATTTCCTTCCGTAGCATTTGGTCCCCATGATTTGCTAGAGCCATGGAGTTGCATTCATTGATTCATAACTTGATGCAAGTGTATCTCCTGGAATGAGCCTCCAGAATCCTTTATATTCCAGATTGTTTTAACGCGACATAATACAGAATCCTGTATAGTCTTTTTCACACCACGAGGAGAGAGACATCTTTCTCTCCACTCCTTTCCCTCCACCTTCAATCTTGTCGCCATGTCTGAGCCCTCTTTTTTAAAATTTGAACTTCTACAAAATCTTGCACATGAGGAATATGATCTGCAAGTTTTGAGGGGCATCATTCTTTTCCTTCTTCCATTAGCGGCAATGGTAGGTGGGTTAGTACCCGATTGTTGTGCCTCTGCGGCTCTG 1 0 5' arm Triticum_monococcum mirnest MIR1122 3e-49 tae-MIR1122 8e-34 -63 .....((((.((((((((.(((((((((((((((((((((.(((..((((((((((((((.(((((((....(((((......))))).......))).........)))).))))))))))))))..))).))))))))))))))))))))).)))))))).)))).... (-63)