mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGAAATGGAGGAAGTAGT GACATCACCAGATAGAATAGCCAGCATGGAACATTCCATTATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGCCTTTTTAGATATTCCAATATGGACTATATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCCAAAATATGTCTATATACATCCGCATGTAGTCCGTATTCAAATCTTTAAAAGGGCTTATATTTAGAAATGGAGGAAGTAGTACCCATACATGAGTCCCAGGAGATTGAGAAACATTTCC TTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGACACTACTCGTGTTTTTTCTTTATTGAAAAATAGAAGAAAGACATCATTCCAGCAACAAGCAGTCAGTGCCAGTACCCAGCATGGAGTACCTCACACCATGACATCACCAGATAGAATAGCCAGCATGGAACATTCCATTATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGCCTTTTTAGATATTCCAATATGGACTATATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCCAAAATATGTCTATATACATCCGCATGTAGTCCGTATTCAAATCTTTAAAAGGGCTTATATTTAGAAATGGAGGAAGTAGTACCCATACATGAGTCCCAGGAGATTGAGAAACATTTCCTTCCGTAGCATTTGGTCCCCATGATTTGCTAGAGCCATGGAGTTGCATTCATTGATTCATAACTTGATGCAAGTGTATCTCCTGGAATGAGCCTCCAGAATCCTTTATATTCCAGATTGTTTTAACGCGACATAATACAGAATCCTGTATAGTCTTTTTCACACCACGAGGAGAGAGACATCTTTCTCTCCACTCCTTTCCCTCCACCTTCAATCTTGTCGCCATGTCTGAGCCCTCTTTTTTAAAATTTGAACTTCTACAAAATCTTGCACATGAGGAATATGATCTGCAAGTTTTGAGGGGCATCATTCTTTTCCTTCTTCCATTAGCGGCAATGGTAGGTGGGTTAGTACCCGATTGTTGTGCCTCTGCGGCTCTG 2 0 5' arm Triticum_monococcum mirnest MIR1122 4e-49 tae-MIR1122 1e-33 -72.4 ..........(((.((((..(((...)))...)))).))).((((.((((((((.(((((((((((((((((((((.(((..((((((((((((((.(((((((....(((((......))))).......))).........)))).))))))))))))))..))).))))))))))))))))))))).)))))))).))))..........(((..((.(((....))).))..))).... (-72.4)