mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAAAG CTTTTATTAGTTTACAGAGAG ACTTCTACTCTCTCTGTAAACTAATATAAAAGCGTTTAAATTACTATCTAAACACTCTTTTATTAGTTTACAGAGAGAGTACGTA TGCGCTCGACGACGACCTCAAGCTCGTTTCATGAGAAATCGTTCGCTGACCAAGGACGAGGTGGAGGCCTTCTGGAGGCAGCACAAGAAGCCGGCGCCGGAGGACAACGTCGACGGCGGCGAGACCGTCGTCGCCTCCTCTCCCTGCAAGGGGAGCCCGAGGTCGACCACGCGTCCGCCGACTCTGTCTCATGTCCGTTCGTCGCCGCCGGTGATGACGAGTAGCGTGGACGGCGACGGCGACGGCGAGGCTGCCGCTAGCCCCAGCGCCAGCCGCGACTGGTGGACGAGGAGCAGCTGGGCGTTCCTGAATGAGCCGCCGCCGCAGCAGCGCGAGGGAGGAGGCGTTAGGCAAGGCGCCGCGGCCGCCGTCTGATCATCATCTCTTTAATTACTTCGCTATAAGCTGGCTTTGTATCCCTGTAAATAAGTACTTCTACTCTCTCTGTAAACTAATATAAAAGCGTTTAAATTACTATCTAAACACTCTTTTATTAGTTTACAGAGAGAGTACGTACCAGCCATGGTAATTGGAGTGGTGGTTTTGCTAATGTTTGATTTCTATATGATGTGGAGTGCATGTCACCTTTTGTATTATCACTCATGTAACCTTGGAGATATACTATGTGTATATGTCACTTTCTGTATTGGCATCTCAGATGCTACAAAAAACGAAAATTCAGGGGAAGCATTTTGGAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Triticum_monococcum mirnest MIR1122 0.00000000002 100 -33 .....(((((((((((((((((((((.((.((.(((((..........))))).)).)).))))))))))))))))))))).... (-33)