mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTTCGTCCCACAGT TGTGGGACGGAGGGAGTAGTT GTGGACGCGATCTTGTAAATATTACTCCCTTCGTCCCACAGTATAACTTGAAAAAGGATCTTATATTGTGGGACGGAGGGAGTAGTTGCAAATATCAGTATGTCG GAATTCGGCACGAGGACGACCTGTCGCCCCATCGCCTGTGTGACTACCTGTACACCCTATCTGAAAGATTCTCACAATTTTACACCAACTGCCAGGTTGTCGGGTCACCGGAGGAAACGAGCCGCCTGTTGCTGTGCCAAGCGTCGGCAGTCGTCATGCGGCAATGCTTCCACCTGCTGGGCATAACACCAGTGCACAAGCTATAGAAGTCGATGGATGCTCTAGTTAGTAAATTATCATTGAACTCATCTAACATGATAGGTTTAGTGGACGCGATCTTGTAAATATTACTCCCTTCGTCCCACAGTATAACTTGAAAAAGGATCTTATATTGTGGGACGGAGGGAGTAGTTGCAAATATCAGTATGTCGTCGATGCCACATAGTAGCTCGCAAGTATGTTTGTCTTTCCTACATCAGCATCAGCATAATAGCAAGGCTGTGGGATTTTATTGTTTGAAACTTTGGTGTGTTCTGGATATATGTTAGTTATAAGGGCAATACAAACGTTCACGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGAG 0 0 5' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest MIR1122 0.00000002 tae-MIR1120 0.00002 -45.4 ...((((.(((.(((((...(((((((((((((((((((((((((((((....)))....)))))))))))))))))))))))))))))))..)))....)))). (-45.4)